加班费不按底薪算是否合法，主要取决于劳动合同或集体合同的约定，以及这些约定是否符合我国《劳动法》及相关法规的规定。合法的计算基数应不低于当地最低工资标准，且需确保劳动者获得应有的加班补偿。
合法情况
劳动合同有明确约定：
- 如果劳动合同中明确约定了加班工资的计算基数，且该基数不低于当地最低工资标准，那么按照合同约定的方式计算加班费是合法的。这个基数可以综合考虑基本工资、岗位工资、绩效工资等，只要双方协商一致且不违反法律强制性规定即可。
集体合同或用人单位制度规定：
- 在劳动合同没有约定的情况下，如果集体合同中明确了加班费的计算基数，且该基数符合法律法规要求，同样可以按照集体合同的约定执行。
- 另外，如果用人单位依法制定的工资支付制度中明确规定了加班工资的计算基数，并且该制度已经通过民主程序制定并向员工公示，员工在知晓且未提出异议的情况下，该制度也可作为计算加班费的依据。
不合法情况
- 低于法定标准：
- 如果劳动合同、集体合同或用人单位制度中规定的加班工资计算基数低于劳动者正常工作时间的工资，或者低于当地最低工资标准，那么这种计算方式就是不合法的。根据我国《劳动法》第四十四条的规定，加班费的计算基数不得低于劳动者正常工作时间的工资，且具体支付标准需按照工作时间延长的不同情况（工作日、休息日、法定节假日）分别支付不低于工资的150%、200%、300%的工资报酬。
实际操作建议
- 查看劳动合同：首先查看自己的劳动合同中是否有关于加班工资计算基数的约定，如果有且不低于当地最低工资标准，则按照合同约定执行。
- 了解集体合同和用人单位制度：如果没有劳动合同约定，可以了解集体合同或用人单位的工资支付制度中是否有相关规定，并确保这些规定符合法律法规要求。
- 协商与维权：如果发现自己的加班工资计算方式不合法，可以与用人单位进行协商，要求按照法律法规进行调整。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总之，加班费不按底薪算是否合法需要综合考虑多种因素，包括劳动合同、集体合同、用人单位制度以及法律法规的规定。如果劳动者对自己的加班工资计算方式有疑问或不满，应及时咨询专业律师或相关机构进行维权。