休年假扣全勤奖是违法的。

法律依据与解析：

1. 年假的法定性：

   • 根据《职工带薪年休假条例》及相关法律法规，劳动者连续工作1年以上的，依法享受带薪年休假。年假是劳动者的法定权利，旨在保障劳动者的休息权益。
   • 年假期间，劳动者不仅享有休假的权利，还享有与正常工作期间相同的工资收入，且休假期间视为出勤。

2. 全勤奖的考核标准：

   • 全勤奖通常是对员工在特定周期内（如整月）无迟到、早退、请假及旷工记录的一种奖励措施。
   • 由于年假是劳动者的法定待遇，且休假期间视为正常出勤，因此年假不应被视为影响全勤考核的因素。

3. 年薪期间的工资待遇与全勤奖的关联：

   • 劳动者在休年假期间，用人单位应按照正常工资标准支付工资，确保劳动者享有与正常工作期间相同的薪酬待遇。
   • 既然年假期间视为正常出勤，且工资待遇不变，那么用人单位就不得以员工请了年休假为由扣发全勤奖。

实际操作与建议：

• 如果公司制度错误地将休年假认定为影响全勤，从而扣除全勤奖，这种规定可能是不合理甚至不合法的。
• 劳动者在遇到此类情况时，应首先与用人单位进行沟通协商，明确表达自身合法权益。
• 若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁等法律途径来维护自身的合法权益。

综上所述，休年假是劳动者的法定权利，且休假期间视为正常出勤，享有与正常工作期间相同的工资待遇。因此，用人单位不得因员工休年假而扣发其全勤奖。这是保障劳动者合法权益、维护劳动者休假权利的重要法律原则。