结论前置：休年假扣全勤奖是否合法，需根据用人单位的规章制度及劳动合同的具体内容来判断。若规章制度或劳动合同中明确规定休年假扣全勤奖且该规定合法，则可能合法；若无相关规定或规定违法，则不合法。
详细分析
合法情形
规章制度与劳动合同明确规定：
- 如果用人单位依法制定的规章制度或与劳动者签订的劳动合同中明确规定，全勤奖的发放条件包括员工在一个考勤周期内无迟到、早退、旷工、请假（包括年休假）等情形，并且该规章制度的制定程序合法（即经过民主程序制定，并已向劳动者公示），同时内容不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位以员工休年假为由扣全勤奖，通常是合法的。
- 例子：某公司制度明确规定：“全年无请假记录者享全勤奖，年假除外”。员工签署确认书后，请年假时扣发全勤奖符合约定。
自主管理权的行使：
- 在这种情况下，公司按照既定规则不发放全勤奖是在行使其自主管理权。员工休年假即视为不符合“全勤”的条件，因此不影响公司按照规章制度执行。
不合法情形
无相关规定或规定不明确：
- 如果用人单位没有在规章制度或劳动合同中对全勤奖的发放条件作出明确规定，或者虽有规定但未明确将年休假纳入影响全勤奖发放的情形，那么员工依法休年假不应影响全勤奖的发放。
- 法律依据：根据《职工带薪年休假条例》，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入，这自然包括了全勤奖的部分。
规定违法：
- 即使公司有相关规定，但如果该规定违反了法律法规的强制性规定，如排除了员工享受法定年休假的权利，或者变相降低了员工在年休假期间应得的待遇，这种规定也是无效的。
- 例子：公司规定休年假即扣除全勤奖，且该规定未经过民主程序制定或未向劳动者公示，或者规定的内容与法律法规相抵触，如年休假期间工资低于正常工作期间工资等。
劳动者的权益保护
如果劳动者认为用人单位扣除全勤奖的行为侵犯了自己的合法权益，可以采取以下措施来维护自己的权益：
协商沟通：
- 首先尝试与用人单位进行协商沟通，要求其说明理由并按照规定支付全勤奖。
投诉举报：
- 如果协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉举报，请求其介入调查并处理。
劳动仲裁：
- 如果投诉举报未能解决问题，劳动者还可以申请劳动仲裁来进一步维护自己的权益。在劳动仲裁过程中，劳动者需要提供充分的证据来证明自己的主张，并依据相关法律法规进行申诉。
总结与建议
总结：休年假扣全勤奖的合法性取决于公司的规章制度及劳动合同的具体内容。劳动者在遇到此类问题时，应首先了解自己的权益和相关的法律法规，并尝试与用人单位进行协商沟通。如果协商不成，可以采取投诉举报或劳动仲裁等措施来维护自己的合法权益。
建议：作为劳动者，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资福利、休假制度等方面的规定。同时，保留好相关证据，如工资条、考勤记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。