结论前置：疫情期间发最低工资是否合法，需根据具体情况来判断。若企业因疫情影响导致生产经营困难，且与员工协商一致，或者按照相关政策规定执行，则发放最低工资是合法的。否则，未经协商或违反政策规定单方面降低工资是不合法的。
详细分析
合法情形
协商一致：根据《关于妥善处理新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控期间劳动关系问题的通知》，企业可与职工协商一致采取调整薪酬等措施。这意味着，如果企业与员工在平等自愿的基础上就降低工资达成共识，那么发放最低工资是合法的。
政策规定：企业停工停产在一个工资支付周期内的，应按劳动合同规定的标准支付工资；超过一个周期的，若员工未提供正常劳动，按各省、自治区、直辖市规定的标准支付生活费，这通常不会低于当地最低工资标准。因此，在这种情况下发放最低工资也是合法的。
特殊时期政策：对于因疫情防控需要而被隔离治疗、医学观察或采取其他紧急措施的员工，企业应视同其提供正常劳动并支付相应报酬。但这一特殊规定并不直接涉及最低工资，而是强调了在特定情况下员工应获得正常工资。
不合法情形
未经协商擅自降薪：如果企业未经与员工协商，单方面决定降低工资，这违反了劳动合同法的相关规定，属于不合法行为。
降薪幅度不合理：即使企业与员工协商降薪，但如果降薪幅度明显不合理，严重损害了员工的合法权益，也可能被认定为不合法。
低于最低工资标准：企业与员工协商降薪后，工资待遇不得低于当地最低工资标准。如果降薪后的工资低于这一标准，企业应承担相应的法律责任。
实例说明
假设某企业因疫情影响导致生产经营困难，与员工协商一致决定暂时降低工资以维持运营，且降薪后的工资不低于当地最低工资标准。这种情况下，企业发放最低工资是合法的。
然而，如果该企业未经与员工协商就单方面降低工资，或者降薪幅度过大导致员工生活困难，或者降薪后的工资低于当地最低工资标准，那么这些行为都是不合法的。
法律建议
对于企业和员工来说，在疫情期间处理工资问题时，应首先确保遵守相关法律法规和政策规定。企业应尽可能与员工协商一致，确保降薪行为的合法性；员工也应了解自己的合法权益，对于不合法的降薪行为要勇于维权。如果有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。