员工违反公司章程，公司多年后一般不可以以此为由解除劳动关系。下面我将对此进行详细分析：

一. 违反公司章程与解除劳动关系的时间关系

1. 即时解除权：根据劳动法的相关规定，如果员工严重违反公司的规章制度或劳动纪律，公司通常有权即时解除劳动合同。但这种权利一般需要在员工违规行为发生后的一段时间内行使，通常是在知道或应当知道违规行为后的合理时间内。
2. 多年后解除的合理性问题：如果公司在员工违规行为发生多年后，才以此为由解除劳动关系，那么这种解除行为在合理性上可能会受到质疑。因为公司长时间未对违规行为作出处理，可能会被视为默认或接受了员工的违规行为。

二. 法律依据

• 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条：“劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：……（二）严重违反用人单位的规章制度的；……”。但此条款并未明确规定用人单位在员工违规后多长时间内可以行使解除权。
• 在实践中，法院或劳动仲裁机构会综合考虑多种因素，如违规行为的性质、严重程度、公司规章制度的规定、公司是否及时行使权利等，来判断公司解除劳动关系的合理性。

三. 我的观点

• 不建议多年后以此为由解除：从法律和实践的角度来看，公司在员工违规多年后以此为由解除劳动关系，可能会面临较大的法律风险。因为公司需要证明其解除行为的合理性，包括为什么会在多年后才行使解除权。
• 及时处理的重要性：为了避免潜在的法律风险，公司应该在员工违规行为发生后及时进行处理，包括警告、处罚或解除劳动关系等。这样可以确保公司的权益得到及时保护，也避免了未来可能出现的纠纷。

综上所述，员工违反公司章程后，公司一般不应该在多年后以此为由解除劳动关系。而应该在员工违规行为发生后及时进行处理，以确保公司的权益和避免潜在的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。