公司出台规章制度要求员工按指纹，这一行为本身并不直接涉及合法性问题，而是需要根据具体情况来判断。

首先，从法律角度来看，我国并没有明确禁止公司在规章制度中要求员工按指纹的规定。但是，这并不意味着公司可以随意要求员工按指纹。公司在制定此类规章制度时，必须遵守相关法律法规，尊重员工的合法权益，并确保规章制度的合理性和合法性。

其次，公司在要求员工按指纹时，需要明确告知员工这一行为的目的、范围和可能产生的后果，并取得员工的明确同意。如果公司未经员工同意就擅自要求员工按指纹，可能会侵犯员工的隐私权、人格权等合法权益，从而引发法律纠纷。

此外，公司还需要注意以下几点：

1. 确保规章制度的内容合法：规章制度中的内容必须符合国家法律法规的规定，不能违反法律禁止性规定。
2. 保障员工的知情权：公司应当公开规章制度的内容，确保员工能够充分了解并知晓相关规定。
3. 尊重员工的选择权：对于是否按指纹，员工应当有选择的权利。公司不能强制要求所有员工都必须按指纹。

综上所述，公司出台规章制度要求员工按指纹本身并不直接涉及合法性问题，但公司在制定和执行此类规章制度时，必须遵守相关法律法规，尊重员工的合法权益，并确保规章制度的合理性和合法性。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。