当公司发现新入职的员工是其他公司的法人时，这是一个需要谨慎处理的问题。以下是一些建议来帮助您应对这种情况：

一、核实员工的法人身份与合法性

1. 确认法人身份：首先，通过官方渠道（如工商登记信息查询系统）核实该员工是否确实为其他公司的法人。
2. 评估合法性：检查该员工担任法人是否符合相关法律法规的规定，以及是否存在任何违法或违规的情况。

二、评估潜在风险与影响

1. 公司利益冲突：分析该员工在其他公司担任法人是否可能与本公司的业务、利益或声誉产生冲突。
2. 法律法规风险：评估该员工的双重身份是否可能违反相关法律法规，如《公司法》、《劳动合同法》等。

三、与员工进行沟通

1. 了解原因：与该员工进行深入沟通，了解其担任其他公司法人的原因和动机。
2. 明确职责：与该员工明确其在本公司的职责和义务，确保其能够全心全意地为本公司服务。

四、采取措施保障公司权益

1. 调整职责：如果评估结果显示存在潜在风险，可以考虑调整该员工的职责，以避免利益冲突或法律风险。
2. 解除职务：在极端情况下，如果该员工的双重身份严重违反了公司规定或法律法规，可以考虑解除其职务。
3. 签订协议：与该员工签订相关协议，明确其不得利用在本公司的职位和资源为其他公司谋取利益，以及违反规定所需承担的法律责任。

五、保留证据与防范未来风险

1. 保留证据：保留该员工法人身份的相关证明文件、劳动合同、沟通记录等证据，以备未来可能出现的法律纠纷。
2. 完善制度：针对此类情况，完善公司的人事管理制度和劳动合同条款，明确对员工兼职、担任其他公司法人等行为的限制和处罚措施。

综上所述，当公司发现新入职的员工是其他公司的法人时，应谨慎处理并综合考虑各种因素。通过核实身份、评估风险、与员工沟通以及采取措施保障公司权益等步骤来妥善处理这一问题。同时，也要注重预防未来可能出现的类似风险。