公司修改已经发放的工资条，在大多数情况下是违法的。工资条作为员工工资构成以及发放状况的重要记录，公司应严格遵守诚实守信原则进行支付。以下是对此问题的详细分析：

1. 违法行为分析：

   • 公司未经员工同意，擅自修改已经发放的工资条，很可能会侵犯员工的合法利益，违反了《中华人民共和国劳动合同法》对于按时足额发放劳动报酬的明确要求。
   • 工资构成劳动合同中的关键条款，其变更应经双方协商一致达成。擅自变更工资条，可能构成对劳动合同的违约。

2. 合法调整的情况：

   • 若公司因符合法律规定的因素，如根据国家税收和社会保障政策作出的调整，并且事先通知了员工，对调整做出了清楚说明，同时又未侵犯员工合法权益，这样的调整可能是合法的。
   • 若出现计算失误等导致薪资清单信息错误，并且经过核实确实需要更正的情况，同时在修正后向员工说明并得到其认可，此时公司的操作也是合法的。

3. 员工权益保护：

   • 员工应妥善保存原始工资单及其关联的各类证据资料，以便在发生争议时维护自己的权益。
   • 若员工认为公司的修改行为违法，可以先行与公司沟通协商；若协商无果，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

综上所述，公司修改已经发放的工资条，在未经员工同意且无法律依据的情况下，是违法的。员工应了解自己的权益，并在必要时采取法律措施保护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。