请三个月长假是否会扣工资，这主要取决于请假的类型、公司的规章制度以及劳动合同中的相关约定。下面我将从不同角度为您详细分析：

1. 请假类型：

   • 病假：如果员工因患病或非因工负伤需要请长假，且提供了合法的医疗证明，根据《劳动法》和相关规定，公司在员工医疗期内不得解除劳动合同，并应按照不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资。
   • 事假：如果员工因个人原因需要请长假，且公司同意，那么公司可以根据劳动合同中的约定或公司规章制度来扣减工资。通常，事假期间公司不会支付全额工资，但具体扣减比例需依据公司规定。
   • 年假、探亲假等：如果员工请的是年假、探亲假等法定假期，且符合相关规定，那么公司应支付员工全额工资。

2. 公司规章制度与劳动合同：

   • 公司规章制度中可能明确规定了请长假期间的工资支付方式。如果规章制度中有相关规定，且该规定不违反法律法规，公司可以按照规章制度执行。
   • 劳动合同中也可能对请长假期间的工资支付有特别约定。如果劳动合同中有相关条款，且该条款合法有效，公司应按照劳动合同执行。

3. 特殊情况：

   • 如果员工请长假是因为公司原因（如公司停工、停产等），且员工没有提供劳动，那么公司应按照不低于当地最低工资标准支付员工生活费或待岗工资。
   • 如果员工请长假期间发生了工伤，那么公司应按照工伤保险的相关规定支付员工工伤期间的工资和福利待遇。

综上所述，请三个月长假是否会扣工资，需要具体看请假的类型、公司的规章制度以及劳动合同中的相关约定。如果您有具体的请假情况和公司规定，我可以为您提供更详细的法律分析和建议。