在行政许可案件中，发现新证据并不能直接起诉，而应通过特定的法律程序来处理。以下是对此问题的详细分析：

1. 新证据的重要性与处理途径：

   • 在行政许可案件中，如果当事人发现了新的证据，这些证据可能足以证明原行政许可决定存在错误或不当之处。
   • 然而，发现新证据并不意味着可以直接起诉。相反，当事人应该首先考虑通过申请再审或行政复议等法律程序来寻求救济。

2. 申请再审：

   • 当事人可以向作出原行政许可决定的行政机关的上一级行政机关或原行政机关申请再审。
   • 在申请再审时，当事人需要提交新发现的证据，并说明这些证据如何证明原行政许可决定存在错误。
   • 行政机关将审查再审申请，如果认为新证据确实足以推翻原决定，将可能裁定再审，并作出新的行政许可决定。

3. 行政复议：

   • 除了申请再审外，当事人还可以选择向行政复议机关申请行政复议。
   • 行政复议机关将对原行政许可决定进行审查，并考虑新提交的证据。
   • 如果行政复议机关认为原决定存在错误，将可能撤销或变更原决定。

4. 法律程序的选择：

   • 当事人应根据具体情况选择适当的法律程序。如果新证据足以证明原决定存在明显错误，且再审或行政复议程序较为简便快捷，那么这些程序可能是更好的选择。
   • 如果当事人对行政复议或再审结果不满意，还可以考虑通过行政诉讼等法律途径来进一步维护自己的合法权益。

综上所述，在行政许可案件中发现新证据时，当事人应通过申请再审或行政复议等法律程序来处理，而不是直接起诉。这些程序为当事人提供了合法的救济途径，以确保行政许可决定的正确性和公正性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。