认定房屋是否违建的合法程序主要包括以下步骤：

一. 初步调查与取证

1. 现场勘查：相关部门会对涉嫌违建的房屋进行现场勘查，包括测量、拍照、录像等，以获取第一手资料。
2. 收集证据：收集与房屋建设相关的所有证据，如土地使用权证、规划许可证、施工许可证等，以及可能存在的违法建设行为的相关证据。

二. 审查与认定

1. 审查材料：相关部门会对收集到的材料进行详细审查，包括核对证件的真伪、查验规划图纸与实际建设是否相符等。
2. 认定违建：根据审查结果，如果确认房屋存在违法建设行为，如未取得规划许可、超出规划范围、违反建筑规范等，相关部门将出具违建认定决定书。

三. 告知与听证

1. 告知权利：在作出违建认定决定前，相关部门应当告知当事人享有陈述、申辩以及要求听证的权利。
2. 组织听证：如果当事人要求听证，相关部门应当组织听证会，听取当事人的陈述和申辩，并对相关证据进行质证。

四. 作出决定与送达

1. 作出决定：根据审查、认定以及听证的结果，相关部门将作出最终的违建认定决定。
2. 送达决定：违建认定决定书应当依法送达当事人，并告知其相关的法律后果以及后续的处理方式。

五. 执行与监督

1. 执行决定：如果当事人未在规定期限内自行拆除违建，相关部门将依法进行强制拆除。
2. 监督执行：在执行过程中，相关部门将进行监督，确保拆除工作的合法、有序进行。

我的观点：认定房屋是否违建的合法程序是一个严谨的过程，需要相关部门依法依规进行。当事人应当积极配合相关部门的调查与处理工作，并依法行使自己的权利。如有进一步需要，您可以继续咨询我。