违法建筑的认定程序是一个严谨且多环节的过程，主要包含以下几个步骤：
一、认定主体与职责
认定主体：
- 县级以上地方人民政府城乡规划主管部门：这是主要的认定主体，负责城乡规划的制定、实施和监督，对违法建设进行认定和处理。
- 乡、镇人民政府：在特定情况下，如未取得乡村建设规划许可证的建设，乡、镇人民政府也可依法进行违法建设的认定和查处。
职责划分：
- 规划部门负责审查建设项目是否符合城乡规划要求。
- 国土资源部门负责核实土地使用情况，确认是否存在非法占地行为。
- 其他相关部门（如住建、城管等）根据各自职责协助调查和处理。
二、认定标准与依据
法律依据：
- 主要依据《中华人民共和国城乡规划法》和《中华人民共和国土地管理法》，这两部法律为违法建筑的认定提供了明确的法律依据。
- 地方性法规及政府规章，如《北京市禁止违法建设若干规定》等，也对违法建筑的认定提供了更具体的规定。
认定标准：
- 未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定建设：这是违法建筑的主要特征，包括擅自新建、改建、扩建建筑物或构筑物。
- 违反控制性详细规划或村庄规划：如建筑高度、密度、用途等不符合规划要求。
- 侵占公共空间或影响公共安全：如占用消防通道、影响相邻建筑安全等。
三、认定程序流程
发现与立案：
- 通过群众举报、巡查发现、卫片执法等途径获取线索。
- 对疑似违法建设进行初步核查，符合立案条件的予以立案。
调查取证：
- 收集现场照片、视频、测绘报告等证据材料。
- 向当事人、证人询问笔录，核实建设时间、用途、审批情况等。
- 调取相关部门的审批文件、规划图纸等资料。
认定与处理：
- 根据调查结果，规划主管部门或执法部门对涉案房屋是否属于违章建筑进行认定。
- 如认定为违章建筑，将作出《责令限期拆除决定书》或《行政处罚决定书》，并告知当事人的陈述申辩权及行政复议、行政诉讼的救济途径。
- 在某些情况下，如涉及重大利益或复杂情况，可能组织专家论证或召开听证会。
执行与监督：
- 督促当事人履行处理决定，如自行拆除违章建筑。
- 逾期不履行的，依法强制执行，并确保拆除过程的安全、有序。
- 建立长效监督机制，防止违法建设反弹。
四、特殊情形处理
历史遗留问题：
- 对因历史原因形成的无证房屋，需结合实际情况分类处置。
- 可能通过补办手续、确权登记等方式解决合法性问题。
紧急避险建设：
- 因自然灾害等紧急情况临时搭建的设施，需评估其必要性和合规性。
- 符合条件的可暂缓处罚或给予整改期限。
五、法律后果与救济途径
法律后果：
- 违法建设者可能面临行政处罚，如罚款、拆除等。
- 相关责任人可能被记入信用记录，影响后续行政审批。
- 在严重情况下，还可能涉及民事赔偿甚至刑事责任。
救济途径：
- 当事人对认定结果不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 在此过程中，建议当事人积极行使陈述申辩权，并提供相关证据支持自己的观点。
总结来说，违法建筑的认定程序是一个涉及多个环节和多个法律知识点的复杂过程。如果你或你身边的人遇到了相关问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和帮助。