员工手册上约定的罚款不合法。针对这一问题，分析如下：

一. 罚款权的法律规定

1. 罚款权的归属：根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，罚款是行政处罚的一种，只能由法律、法规或者规章设定的行政机关实施，企业并不具备罚款权。
2. 企业无权罚款：因此，员工手册中约定的罚款条款，实际上是企业试图超越自身权限，对员工进行经济处罚，这种行为在法律上是不被允许的。

二. 企业管理的合法方式

1. 规章制度的重要性：企业当然有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须符合法律规定，不能侵犯员工的合法权益。
2. 合法的管理手段：如果员工违反了企业的规章制度，企业可以通过合法的手段进行处理，如警告、记过、降职、辞退等，但不能采取罚款的方式。

三. 实际案例分析

• 例如，某企业因员工迟到而在员工手册中规定罚款50元，这种规定就是违法的。企业不能通过罚款来惩罚员工的迟到行为，而应采取其他合法的管理措施。

综上所述，员工手册上约定的罚款是不合法的。企业应当遵守法律规定，不得擅自设立罚款条款。如果企业需要对员工进行管理，应当通过合法、合理的方式来进行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。