工厂劳动手册中规定的罚款是否合法，需分情况讨论：

1. 罚款的合法性基础
   根据《劳动合同法》及相关法规，用人单位无权在规章制度中自行设定罚款条款。罚款属于行政处罚范畴，仅能由法律授权的行政机关（如劳动监察部门）行使，企业不具备罚款主体资格。若劳动手册中规定“迟到罚款”“工作失误罚款”等内容，该条款因违反法律强制性规定而无效。

2. 例外情形：扣减工资的合法性
   若企业因员工过错造成经济损失，可依据《工资支付暂行规定》第十六条，在提供充分证据（如损失金额、员工过错关联性）的前提下，按劳动合同约定扣减工资，但需满足：

   • 每月扣减部分不得超过员工当月工资的20%；
     
   • 扣减后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
     此情形下，企业行为属于“工资扣减”而非“罚款”，需严格区分。

3. 劳动手册的制定程序要求
   即使罚款条款被替换为合法扣减规则，仍需满足：

   • 民主程序：经职工代表大会或全体职工讨论协商；
     
   • 公示程序：向员工明确告知并留存签字确认记录；
     
   • 内容合法性：不得违反法律强制性规定（如最低工资、加班限制等）。
     若劳动手册未履行上述程序，即使条款内容合法，亦可能因程序瑕疵被认定无效。

4. 实务建议

   • 对员工：若遭遇违法罚款，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张返还罚款并要求企业改正规章制度；
     
   • 对企业：应通过绩效考核、奖金调整等合法方式管理员工行为，避免直接罚款；若需扣减工资，需完善证据链并严格遵守比例限制。

总结：工厂劳动手册中直接规定罚款的条款通常违法，但企业可通过合法程序制定工资扣减规则。具体案件需结合条款内容、制定程序及实际执行情况综合判断。如有争议，建议提供劳动手册具体条款进一步分析。