结论：员工手册规定迟到罚款是否合法不能一概而论，需分情况讨论。

1. 从罚款的法律依据角度分析

   • 根据我国现行法律，用人单位并非行政机关，不具有行政处罚权，因此严格意义上来说，用人单位直接规定“罚款”缺乏明确的法律依据。原《企业职工奖惩条例》虽曾规定企业可对职工进行罚款，但该条例已于2008年被废止，此后企业直接罚款的行为缺乏直接法律支撑。
   • 例外情形：若员工因迟到给用人单位造成实际经济损失（如因迟到导致客户流失、订单取消等），用人单位可依据《工资支付暂行规定》第十六条，要求员工赔偿经济损失，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。这种情况下，用人单位并非直接“罚款”，而是要求赔偿损失。

2. 从员工手册的制定程序角度分析

   • 即使员工手册中规定了“迟到罚款”，其合法性还取决于制定程序是否符合法律规定。根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或决定直接涉及劳动者切身利益的规章制度（如考勤、奖惩等）时，应当经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定，并将规章制度公示或告知劳动者。
   • 若员工手册未经民主程序制定或未公示/告知劳动者，即使规定了“迟到罚款”，也可能因程序违法而被认定为无效，用人单位不得据此对员工进行处罚。

3. 从罚款的实际操作角度分析

   • 实践中，部分用人单位通过“变相罚款”的方式规避法律风险，如将罚款改为“绩效扣分”“奖金扣除”等。这种做法的合法性取决于具体约定和操作方式：
     • 若“绩效扣分”“奖金扣除”与员工的实际工作表现、业绩挂钩，且符合劳动合同或规章制度中的约定，通常被认为是合法的；
     • 若“绩效扣分”“奖金扣除”实质上是针对迟到行为的惩罚，且扣除金额过高或缺乏合理性，则可能被认定为变相罚款，存在法律风险。

建议：

• 对用人单位：若希望通过制度约束员工迟到行为，建议采用“扣减绩效”“取消全勤奖”等合法方式，而非直接规定“罚款”；同时确保员工手册的制定程序合法，并公示或告知劳动者。
• 对劳动者：若遇到用人单位以“迟到罚款”为由扣减工资，可要求用人单位出具书面依据，并核对其合法性；若认为用人单位的行为违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

如有进一步疑问，欢迎直接向我咨询。