关于公司考勤制度上迟到罚款是否合法的问题，这需要从多个维度进行深入分析。

首先，从法律法规的角度来看，《中华人民共和国劳动法》及相关规定赋予用人单位制定劳动纪律和规章制度的权利，同时明确迟到属于违反劳动纪律的行为。因此，用人单位有权对迟到员工进行适当的处罚，包括扣减工资。但这里的关键是，扣款金额和方式必须合理合法，不能侵犯员工的基本权益。

其次，用人单位的规章制度在迟到罚款问题上起着至关重要的作用。合法的规章制度必须明确、具体，且经过民主程序制定并公示或告知劳动者。规章制度中应详细规定迟到的定义、扣款的标准和程序等，以确保扣款行为的正当性和合理性。如果规章制度未经过民主程序制定或未公示，或者扣款标准不明确、不合理，那么扣款行为就可能构成违法。

在具体实践中，合法的迟到罚款应满足以下条件：扣款金额应与迟到的严重程度相适应，避免过度惩罚；扣款前应进行必要的调查和核实，确保员工确实存在迟到行为；扣款决定应通知员工，并允许其提出异议或申诉；扣款后员工的工资不得低于当地最低工资标准，且不得侵犯员工的合法权益，如加班费、奖金等其他收入。

相反，如果用人单位没有明确的规章制度支持迟到罚款，或者扣款金额过高导致员工工资低于最低工资标准，或者扣款程序不当（如未进行调查核实、未通知员工等），那么这些情形下的罚款行为就可能构成违法。

综上所述，公司考勤制度上迟到罚款的合法性取决于多个因素，包括法律法规的遵循、规章制度的完善与合理执行、以及扣款行为的正当性和合理性等。因此，建议用人单位在制定和执行考勤制度时，务必确保符合相关法律法规和规章制度的要求，并加强与员工的沟通与培训，合理处理争议，以维护良好的劳动关系。