种植的果树被非法砍伐多年，最近才发现，一般是可以起诉的。但具体能否成功起诉以及赔偿的数额等，会受到多种因素的影响，以下是对此问题的详细分析：

1. 诉讼时效的考虑：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律规定，一般侵权行为的诉讼时效期间为三年。但这并不意味着超过三年就一定不能起诉，因为存在诉讼时效中断、中止等情形。
   • 如果在这期间，你曾向侵权人提出过要求，或者侵权人曾表示愿意承担责任，或者你因客观原因无法知道权利被侵害（如你最近才发现果树被砍伐），这些都可能构成诉讼时效中断或中止的事由。

2. 证据收集的难度：

   • 由于时间已经过去多年，证据的收集可能会变得困难。你需要尽可能收集所有能证明侵权事实的证据，如现场照片、视频、证人证言、书面记录等。
   • 如果可能，还可以尝试通过科技手段（如无人机航拍、卫星图像等）来还原当时的现场情况。

3. 侵权人的确定：

   • 你需要明确侵权人的身份，以便对其进行起诉。如果侵权人已经去世或者无法找到，那么起诉的难度会大大增加。
   • 在某些情况下，如果侵权人是多人或者是一个组织，那么你需要确定每个侵权人的责任大小，以便在诉讼中合理分配责任。

4. 赔偿数额的确定：

   • 如果诉讼成功，你需要确定赔偿的数额。这通常包括果树的直接损失（如市场价值、种植成本等）以及可能的间接损失（如因果树被砍伐导致的收入减少等）。
   • 赔偿数额的确定需要依据相关法律规定和实际情况进行，并可能需要通过专业的评估机构进行评估。

5. 法律程序的复杂性：

   • 起诉是一个复杂的法律程序，需要遵循一定的法律流程和规定。你需要准备充分的证据和材料，并可能需要聘请专业的律师来协助你进行诉讼。

综上所述，虽然你种植的果树被非法砍伐多年，但最近才发现并不意味着你不能起诉。你需要综合考虑诉讼时效、证据收集、侵权人确定、赔偿数额以及法律程序的复杂性等因素，并咨询专业的律师来获取更具体的法律建议。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。