当你面临被他人用五万的借条起诉，而实际上你已经偿还了大部分只剩下两千元未还的情况时，以下是我给出的详细建议：

首先，明确结论： 你需要积极应诉，准备相关证据材料，以证明你实际欠款金额并非五万而是两千元，并争取与对方达成和解或者通过法庭审理维护自己的合法权益。

具体建议如下：

1. 积极应诉：

   • 收到起诉状后，务必在规定时间内提交答辩状，阐明你对于债务的观点和理由。
   • 准时出庭参加诉讼，这是维护自己权益的重要一步。

2. 准备证据材料：

   • 收集并整理所有与还款相关的证据，如转账记录、聊天记录、收据等，以证明你已经偿还了大部分款项。
   • 如果可能，找到能够证明你与对方之间关于剩余债务金额有明确约定的证据。

3. 庭审协商调解：

   • 在庭审中，尝试与对方进行协商，提出你实际欠款金额是两千元，并愿意就此进行和解。
   • 如果对方同意，可以请求法院制作调解书，以确认双方的和解协议。

4. 依法提出抗辩：

   • 如果对方坚持主张你欠款五万，你需要依法提出抗辩，指出对方的主张与事实不符。
   • 强调你已经偿还了大部分款项，并出示相关证据进行证明。

5. 请求法院查明事实：

   • 如果双方争议较大，请求法院对借款事实、还款情况等进行全面审查，以查明案件事实。
   • 法院会根据证据和庭审情况，作出公正的判决。

6. 履行法院判决：

   • 如果法院最终判决你需要偿还剩余债务，务必按照判决来履行还款义务。
   • 如果暂时无力一次性偿还，可以与执行法院沟通，制定合理的还款计划。

注意事项：

• 在整个过程中，保持冷静和理智，不要与对方发生不必要的争执。
• 如果遇到困难或不确定如何操作，可以及时向我咨询，我会提供专业的法律帮助。

总之，面对被起诉的情况，积极应诉、准备证据、争取和解或抗辩是维护自己合法权益的关键步骤。希望这些建议能对你有所帮助。