若借条上明确写明借款金额为两万，但实际已还一万，而对方仍按借条金额两万起诉，法院的判决将取决于证据和事实认定。具体分析如下：

1. 证据认定是关键：

   • 在此类案件中，证据的认定至关重要。您需要提供充分的证据证明已经偿还了一万元，这些证据可以包括转账记录、收条、聊天记录、录音等。只要这些证据能够形成完整的证据链，证明还款事实，法院就会予以采信。
   • 如果您无法提供充分的证据证明已经还款，而对方又坚持按照借条金额起诉，那么法院可能会根据借条上的金额进行判决。

2. 法院判决的可能情况：

   • 若证据充分：如果您能提供充分的证据证明已经偿还了一万元，法院在查明事实后，会判决对方返还多收的款项，或者从应还款项中扣除已还款项，即判决您只需再偿还剩余的一万元。
   • 若证据不充分：如果您无法提供充分的证据证明已经还款，而对方又提供了借条等有力证据，法院可能会根据借条上的金额判决您偿还两万元。但这种情况下，您仍有权在后续通过其他途径（如申诉、再审等）来维护自己的权益，前提是您能补充到新的有力证据。

3. 法律建议：

   • 积极收集证据：在诉讼前或诉讼过程中，您应积极收集并整理所有能够证明还款事实的证据，以确保在法庭上能够充分展示自己的主张。
   • 咨询专业律师：虽然您已经向我咨询，但在此再次强调，面对此类法律纠纷，咨询并委托专业律师是非常重要的。律师可以帮助您分析案情、制定诉讼策略、准备证据材料，并在法庭上为您辩护。
   • 注意诉讼时效：同时，您也需要注意诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，您需要在诉讼时效期间内提起诉讼或主张权利。

举例说明：假设您与对方签订了借条，明确借款金额为两万元。后来，您通过银行转账的方式向对方偿还了一万元，并保留了转账记录。在对方起诉您偿还两万元时，您可以在法庭上出示转账记录作为证据，证明已经偿还了一万元。法院在查明事实后，会判决您只需再偿还剩余的一万元。

总结与提醒：面对此类法律纠纷，关键在于证据的收集和展示。只要您能提供充分的证据证明还款事实，法院就会根据事实进行判决。因此，建议您在诉讼前或诉讼过程中积极收集证据，并咨询专业律师的意见。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。