结论前置：在借条写借5万元后已还1万元的情况下，最终起诉主张的金额应当是4万元，但需注意保留已还款的证据，并在起诉时明确诉讼请求。

详细分析：

1. 法律关系与证据保留：

   • 借条作为借贷关系的直接证据，明确记载了借款金额为5万元，这是双方借贷关系成立的基础。
   • 已还款1万元的事实，虽然未在借条上直接体现，但借款人（即还款人）应当保留还款的证据，如银行转账记录、收条等，以证明已履行部分还款义务。

2. 起诉主张的金额确定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，借款人应当按照约定的期限返还借款。在本案中，借款人已部分还款，因此，出借人在起诉时，应当主张剩余的未还款项，即5万元减去已还的1万元，等于4万元。
   • 如果出借人仍然主张5万元，而借款人能够提供已还款1万元的证据，那么法院将不会支持出借人的全部诉讼请求，而是会判决借款人偿还剩余的4万元。

3. 起诉时的注意事项：

   • 出借人在起诉时，应当明确诉讼请求，即要求借款人偿还剩余的4万元借款本金及可能的利息（如果双方有约定利息的话）。
   • 出借人应当提交借条作为证据，以证明借贷关系的存在及借款金额。同时，如果借款人提出了已还款的抗辩，并提供了相关证据，出借人也需要对还款情况进行说明或提供反驳证据。

4. 可能的法律后果：

   • 如果出借人能够提供充分的证据证明借贷关系及借款金额，而借款人无法提供有效的还款证据或反驳证据，那么法院将支持出借人的诉讼请求，判决借款人偿还剩余的借款本金及利息。
   • 如果借款人能够提供已还款1万元的证据，而出借人无法提供反驳证据或无法合理解释还款情况，那么法院将根据实际情况判决借款人偿还剩余的借款本金（即4万元）及可能的利息。

建议：

• 在起诉前，出借人应当仔细核对借条及还款记录，确保诉讼请求的准确性。
• 如果借款人提出了已还款的抗辩，出借人应当积极应对，提供必要的证据或说明情况，以维护自己的合法权益。
• 在整个诉讼过程中，出借人应当遵循法律程序，尊重法院的判决结果。

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