结论：不可以直接用五万块钱的借条起诉把剩下的四万块钱要回来，但可以通过补充证据等方式来维护自己的权益。以下从不同角度为你详细分析：
从借条的法律效力角度
借条是证明借贷关系存在以及借款金额的重要证据。你最初借了五万块钱，借条上写的也是五万，这表明在借款时双方就五万的借贷关系达成了一致。但你还了一万块钱后，实际的欠款金额就变成了四万。如果直接拿五万的借条去起诉，从借条表面来看，它反映的是五万的借款事实，与实际的欠款情况不符。法院在审理案件时，会以事实为依据，以法律为准绳，会审查实际的借款和还款情况，不会仅仅依据借条上的金额就判决对方归还五万。
从证据补充角度
为了能要回剩下的四万块钱，你需要补充能够证明你已经还款一万的证据。常见的还款证据有以下几种：
- 转账记录：如果你是通过银行转账、微信转账、支付宝转账等方式还的这一万块钱，那么这些转账记录就是很好的证据。转账记录上会显示转账的时间、金额、收款方等信息，能够清晰地证明你已经归还了一万。例如，你在某年某月某日通过银行转账给对方一万元，银行流水上会有明确的记录，这就是有力的还款凭证。
- 收条：如果对方在你还款时给你出具了收条，收条上写明了收到你归还的一万元借款，那么这也是非常直接的证据。收条具有书面的证明效力，能够证明还款事实的存在。
- 聊天记录：要是你们在还款过程中有通过微信、短信等聊天工具进行沟通，聊天记录中对方承认你已经还了一万，或者你告知对方你已经还款一万对方没有否认，这些聊天记录也可以作为辅助证据。比如，你在微信上跟对方说“我已经把那一万块钱还给你了”，对方回复“收到了”，这样的聊天记录就能证明还款情况。
从诉讼流程角度
如果你准备起诉对方要求归还剩余的四万借款，需要按照以下流程进行：
- 准备起诉材料：除了前面提到的借条和还款证据外，还需要准备起诉状。起诉状中要写明原告（你自己）和被告（对方）的基本信息、诉讼请求（要求对方归还剩余的四万借款及可能产生的利息等）、事实与理由（详细说明借款和还款的经过）等内容。
- 向法院提交材料：将准备好的起诉状、借条、还款证据等材料一并提交给有管辖权的法院。一般来说，民间借贷纠纷由被告住所地或者合同履行地法院管辖。
- 法院审理：法院受理案件后，会安排开庭审理。在庭审过程中，你需要向法院出示借条和还款证据，证明借款和还款的事实。对方也可以进行答辩和提供相反的证据。法院会根据双方提供的证据和陈述，对案件进行审理和判决。
从可能面临的法律后果角度
如果你没有补充还款证据，直接拿五万的借条起诉，可能会面临以下后果：
- 法院不支持全部诉讼请求：法院在审理过程中发现实际欠款只有四万，可能会只判决对方归还你四万借款及相应的利息，而不会支持你要求归还五万的请求。
- 承担诉讼风险：如果对方在庭审中提出你已经还款一万的抗辩，并且提供了相应的证据，而你无法反驳，那么你可能会承担败诉的风险，还需要承担诉讼费用等。
建议：在起诉前，一定要收集好还款证据，确保自己的诉讼请求有充分的事实依据。如果你在收集证据或者诉讼过程中遇到问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。