民营企业经理贪污100万并让员工离职背黑锅的情况不仅不道德，而且违法，因此是不存在的合法情形。针对这一问题，我们可以从法律角度进行详尽分析：

一. 贪污行为的法律责任

1. 贪污罪的定义：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，贪污罪是指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。虽然民营企业经理不属于国家工作人员，但如果其利用职务之便侵占公司财物，同样可能构成职务侵占罪。
2. 职务侵占罪的后果：若民营企业经理贪污100万，且证据确凿，将面临严厉的刑事处罚，包括但不限于有期徒刑、罚金等。

二. 让员工背黑锅的法律风险

1. 诬告陷害罪的风险：如果经理试图让员工离职并承担其贪污行为的责任，这实际上构成了诬告陷害。根据《中华人民共和国刑法》，诬告陷害他人，意图使他人受刑事追究的，同样会面临刑事处罚。
2. 对员工的保护：员工有权拒绝承担不属于自己的责任，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。如果员工因此受到不公正对待，可以寻求法律援助，要求恢复名誉、赔偿损失等。

三. 企业的内部管理与法律责任

1. 企业管理责任：民营企业应建立健全的财务管理制度和内部控制机制，防止类似贪污行为的发生。如果企业因管理不善导致贪污事件，也应承担相应的管理责任。
2. 员工权益保障：企业应保障员工的合法权益，不得强迫员工承担不属于其职责范围内的责任。对于员工的离职，应依法进行，并确保员工的权益不受损害。

综上所述，民营企业经理贪污100万并让员工离职背黑锅的情况是不存在的合法情形。这种行为不仅违反了法律，也违背了道德和职业操守。我建议企业应加强内部管理，防范类似事件的发生，同时员工也应了解自己的权益，勇于维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。