承租人明知房屋属于违建仍然签订租赁合同，后期通常无法请求法院确认租赁合同有效并追偿。以下是具体的分析：

1. 合同效力问题：

   • 根据相关法律规定，违反法律、行政法规的强制性规定的合同无效。违章建筑的建设本身就违反了规划、建设等方面的规定，因此，明知是违章建筑而签订的租赁合同，通常会被认定无效。

2. 租金及费用追偿问题：

   • 租赁合同无效后，承租人无权基于有效的租赁合同条款要求追偿租金等费用。因为合同自始无效，双方应按照合同无效后的法律后果处理，即各自返还因该合同取得的财产。

3. 损失分担问题：

   • 对于承租人因租赁该违章建筑所遭受的损失，如建筑的装修等费用，可能要根据双方的过错来分担。如果承租人明知是违章建筑仍租赁，自身存在过错，可能无法全额追偿其损失。出租方明知是违章建筑仍出租，也有过错，双方可能会根据过错程度协商分担损失。

4. 法律建议：

   • 在签订租赁合同前，承租人应仔细审查房屋的法律状态，确保房屋为合法建筑，以避免因租赁违章建筑而带来的法律风险。
   • 如果已经签订了租赁违章建筑的合同并遭受了损失，建议承租人及时咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，承租人明知房屋属于违建仍然签订租赁合同，后期通常无法请求法院确认租赁合同有效并追偿。在签订租赁合同时，应谨慎审查房屋的法律状态，以避免不必要的法律风险。