在校实习协议约定月工资1000元是否合法，需要具体情况具体分析。
首先，我们要明确的是，实习生与用人单位之间并不构成劳动关系，而是实习关系。因此，实习协议中的工资约定并不受《劳动法》中关于最低工资标准的严格限制。但是，这并不意味着实习工资可以随意约定。
如果实习协议中的工资约定是双方真实意愿的表示，且不违反法律法规的强制性规定，那么该约定是合法的。也就是说，如果实习生和用人单位在平等、自愿的基础上，就实习工资达成了共识，且这个工资水平不低于当地规定的最低工资标准（针对劳动关系而言，实习生不适用此标准，但可作为参考），也不存在其他违法情形，那么这份实习协议就是有效的。
然而，如果实习协议中的工资约定存在欺诈、胁迫等违法情形，或者违反了相关法律法规的禁止性规定，那么该约定就是违法的。例如，用人单位利用实习生的弱势地位，强迫其接受极低的工资，或者承诺的工资与实际支付的不符，这些都可能构成违法行为。
另外，虽然实习工资不受最低工资标准的严格限制，但用人单位仍应合理设定实习工资。实习工资应能够保障实习生的基本生活需要，体现其劳动价值，并促进实习活动的健康发展。如果实习工资过低，不仅可能损害实习生的合法权益，也可能影响实习活动的质量和效果。
综上所述，在校实习协议约定月工资1000元是否合法，关键要看该约定是否真实、合法、有效，并符合相关法律法规的规定。如果实习生对实习工资有疑虑或争议，建议及时与用人单位沟通协商，或者向相关部门咨询求助。同时，我也提醒广大实习生在签订实习协议时，要仔细阅读协议条款，了解自己的权利和义务，确保自己的合法权益得到保障。