重大案件讨论应当在违法通知书之前进行。以下是具体的分析：
一. 法律依据
- 根据《行政处罚法》及相关行政执法程序规定，行政机关在作出行政处罚决定之前，应当确保案件事实清楚、证据确凿，并依法进行充分的讨论和审议。这一规定暗含了重大案件讨论应当在违法通知书之前进行的逻辑，因为违法通知书是行政机关基于已查明的案件事实和证据，向当事人告知其违法行为及拟给予的行政处罚的正式文书。
二. 理由分析
- 确保决策的科学性和合法性：重大案件讨论是行政机关内部对案件进行集体审议和决策的重要环节，旨在确保行政处罚决定的合法性和合理性。在发出违法通知书之前进行讨论，可以充分听取各方意见，避免决策失误或违法行政。
- 保护当事人的合法权益：违法通知书一旦发出，即意味着行政机关对当事人的违法行为作出了初步认定，并拟给予相应的行政处罚。如果在此之前未进行充分的讨论和审议，可能会导致错误或不当的行政处罚决定，从而损害当事人的合法权益。因此，在发出违法通知书之前进行重大案件讨论，是保护当事人合法权益的必要措施。
- 提高行政效率：虽然重大案件讨论可能会增加一定的行政成本和时间，但与其可能带来的行政风险相比，这一成本是值得的。通过充分的讨论和审议，可以确保行政处罚决定的准确性和公正性，从而避免后续的行政复议或行政诉讼等不必要的行政程序，提高整体行政效率。
三. 实践中的做法
- 在实际行政执法过程中，行政机关通常会按照“先讨论、后通知”的顺序进行。即先组织相关人员进行重大案件讨论，形成一致意见后，再向当事人发出违法通知书。这种做法既符合法律规定，也体现了行政机关对行政处罚决定的谨慎和负责态度。
综上所述，重大案件讨论应当在违法通知书之前进行，以确保行政处罚决定的合法性、合理性和公正性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。