农村自建房扣押包工头尾款是否合法，取决于具体的合同条款和实际情况。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合同约定情况：

   • 如果在自建房合同中明确规定了扣押尾款作为质量保证金或履行合同的担保，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么扣押尾款是合法的。
   • 合同应明确扣押尾款的具体金额、扣押期限以及返还条件等，以确保双方权益得到保障。

2. 无合同约定或约定不明情况：

   • 如果合同中没有明确约定扣押尾款，或者约定不明确，那么扣押尾款可能构成违约行为，因为这意味着发包方未按照合同约定支付全部款项。
   • 在这种情况下，包工头有权要求发包方按时支付全部款项，并发包方需要承担相应的违约责任。

3. 实际履行情况：

   • 如果包工头在自建房过程中存在违约行为，如工程质量不合格、延期完工等，发包方有权根据合同约定或法律规定扣押尾款作为赔偿或违约金。
   • 但如果包工头已经按照合同约定履行了全部义务，且工程已经验收合格，那么发包方无故扣押尾款是不合法的。

4. 法律建议：

   • 在签订自建房合同时，双方应明确约定支付款项的时间、方式以及扣押尾款的相关条款，以避免后续纠纷。
   • 如果发生纠纷，双方应首先通过友好协商解决；协商不成时，可以寻求法律途径解决争议。

综上所述，农村自建房扣押包工头尾款的合法性取决于具体的合同条款和实际情况。因此，在处理此类问题时，需要仔细审查合同条款并结合实际情况进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。