结论前置：农村自建房是否会因债务被银行扣押，需结合房屋产权性质、抵押情况及法律程序综合判断，具体分以下两种情况：

1. 若自建房已办理合法产权登记且作为抵押物

根据《民法典》第394条，若债务人以自建房为债务提供抵押担保，并依法办理抵押登记（如房产证、他项权证），银行作为抵押权人有权在债务人不履行到期债务时，通过司法程序申请拍卖、变卖该房屋，优先受偿。
关键点：

• 房屋需有合法产权证明（如集体土地使用权证+房屋所有权证，或不动产权证）；
  
• 抵押需经登记（未登记的抵押权不得对抗第三人）；
  
• 银行需通过法院起诉并取得生效判决后，方可申请强制执行。

2. 若自建房无合法产权或未抵押

• 无产权证房屋：根据《民法典》及相关司法解释，未取得合法产权证明的房屋（如未通过审批的违建）通常无法成为合法抵押物，银行无权直接扣押。但若房屋占用土地为债务人合法所有，银行可能申请查封土地使用权（需符合法律程序）。
  
• 未抵押房屋：若房屋未作为债务担保物，银行无权直接扣押。但若债务人除该房屋外无其他财产可供执行，法院可能根据《民事诉讼法》第243条，在保障债务人基本生活需求的前提下，对房屋进行处置（实践中需结合地方政策，如农村“一户一宅”原则）。

补充说明：农村房屋的特殊性

根据《土地管理法》第62条，农村宅基地使用权具有身份属性（仅限本村集体经济组织成员），房屋流转受限。即使房屋被拍卖，买受人通常也需符合宅基地申请条件，否则可能面临过户障碍。因此，银行在处置时需考虑买受人资格问题，实践中执行难度较大。

建议：若您面临此类问题，需先确认房屋产权状态及抵押情况，并关注当地法院执行政策。如有具体纠纷，可直接向我提供细节，我将进一步分析。