农民工工资保证金不能算作建设单位已付款。下面我来详细解释一下这个结论：

1. 定义与性质：

   • 农民工工资保证金：这是为了确保农民工工资能够按时足额支付而设立的一种专项资金，通常由建设单位按照一定比例缴纳到指定账户，用于保障农民工的合法权益。
   • 建设单位已付款：这是指建设单位根据合同约定，已经支付给施工单位或劳动者的款项，用于购买材料、支付工资、结算工程款等。

2. 区别与联系：

   • 区别：农民工工资保证金是一种保障性质的资金，其目的是为了确保农民工工资的支付，并不直接构成建设单位对施工单位或劳动者的付款。而建设单位已付款则是实际发生的支付行为，用于履行合同约定的支付义务。
   • 联系：虽然农民工工资保证金与建设单位支付工资有一定的关联，但两者在性质、用途和支付方式上存在明显区别。保证金是一种预防性的措施，而已付款则是实际的支付行为。

3. 法律与实务操作：

   • 在法律上，农民工工资保证金和建设单位已付款是两个不同的概念，不能混为一谈。
   • 在实务操作中，建设单位应当按照合同约定按时足额支付工程款和农民工工资，同时按照相关规定缴纳农民工工资保证金。这两部分资金应当分别管理、分别使用，不能相互替代或混淆。

综上所述，农民工工资保证金不能算作建设单位已付款。如果你在这方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。