总包代扣农民工工资对分包单位不算作已收款。以下是对此结论的详细解释：

1. 代扣与支付的关系：

   • 总包单位代扣农民工工资，是基于《保障农民工工资支付条例》等法律法规的规定，以及总包单位与分包单位之间的合同约定。这一行为主要是为了保障农民工工资的及时、足额支付，防止因分包单位问题导致的欠薪事件。
   • 代扣的工资并非直接支付给分包单位，而是通过农民工工资专用账户直接支付给农民工本人。因此，从资金流向上看，这部分资金并未流入分包单位的账户，不能视为分包单位的已收款。

2. 会计与财务处理：

   • 在会计和财务处理上，总包单位代扣的农民工工资应作为应付账款的减少项，而非分包单位的收入项。这是因为代扣的工资实际上是总包单位代分包单位履行支付义务，而非分包单位自身的收入。
   • 分包单位在确认收入时，应基于其与总包单位之间的结算情况，以及实际收到的款项。代扣的工资并不属于这一范畴，因此不能计入分包单位的已收款。

3. 法律后果与风险：

   • 如果将总包代扣的农民工工资视为分包单位的已收款，可能会导致一系列法律后果和风险。例如，分包单位可能会因此误认为自己已经收到了相应的款项，进而在后续的资金安排和债务处理上出现问题。
   • 此外，这种误解还可能引发总包单位与分包单位之间的财务纠纷和法律争议，影响工程项目的顺利进行和双方的合作关系。

综上所述，总包代扣农民工工资对分包单位不算作已收款。这一结论不仅符合法律法规的规定和会计财务的处理原则，也符合工程项目的实际运作情况和双方的合同约定。如有进一步的问题或疑虑，请随时向我咨询。