关于“公司科长处罚员工是否违法”的问题，我们可以从以下几个方面来详细分析：

1. 公司内部的处罚权限：

   • 公司科长作为管理层，通常享有一定的管理权限，包括对员工进行一定程度的奖惩。但这些奖惩必须基于公司的规章制度，并且不能违反法律法规。
   • 如果公司规章制度中明确规定了科长有处罚员工的权限，并且该处罚符合规章制度的规定，那么这种处罚通常是合法的。

2. 处罚的合法性与合理性：

   • 处罚员工必须基于合法、合理且公正的理由。例如，员工违反了公司规定或工作纪律，科长可以依据规章制度进行处罚。
   • 如果处罚没有合理依据，或者处罚过重、过轻，都可能引发员工的异议，甚至可能构成违法。

3. 法律法规的约束：

   • 科长在处罚员工时，必须遵守国家相关的法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等。
   • 如果科长的处罚行为违反了法律法规，如未经法定程序就擅自解雇员工、罚款金额超过法定限额等，那么这种处罚就是违法的。

4. 员工的权益保护：

   • 员工在面对不公正的处罚时，有权提出异议，并可以通过法律途径维护自己的权益。
   • 如果员工认为科长的处罚行为违法，可以向公司上级管理层反映，或者向劳动监察部门投诉，甚至可以通过诉讼来维护自己的合法权益。

综上所述，公司科长处罚员工是否违法，取决于处罚的合法性、合理性以及是否遵守了法律法规。如果科长依据公司规章制度和法律法规进行处罚，且处罚行为合法、合理，那么这种处罚就是合法的。反之，如果处罚行为违反了法律法规或公司规章制度，或者处罚过重、过轻，那么这种处罚就是违法的。因此，在具体情况下，需要根据公司规章制度、法律法规以及处罚的具体内容来判断。如果你有任何具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。