公司制定各项制度处罚员工，在一般情况下是不合法的。以下是详细的分析：

1. 法律层面：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位应当依法建立和完善规章制度，但并未赋予用人单位直接对员工进行罚款的权力。
   • 《中华人民共和国行政处罚法》明确规定，罚款是行政处罚的种类之一，只能由行使国家行政权力的行政管理机关或者法律授权行使行政权力的机构行使，公司并不具备此权限。

2. 特殊情况：

   • 若员工因故意或重大过失给公司造成了实际的经济损失，公司可以依据《工资支付暂行规定》第十六条，要求员工进行经济赔偿，但这并非传统意义上的“罚款”，而是基于损失赔偿的合理性。赔偿时需满足以下条件：有劳动合同约定或合法规章制度规定；经济损失确实由员工本人原因造成；扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准；每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。

3. 合法管理员工的措施：

   • 公司可以采取警告制度、解除劳动合同、经济损失赔偿（如前所述）、绩效考核与激励、培训与教育等合法措施来管理员工。

4. 制定与执行规章制度的注意事项：

   • 公司在制定规章制度时，必须确保其内容合法合理，不侵犯员工的合法权益。
   • 涉及劳动者切身利益的规章制度或重大事项，应当经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 规章制度制定后，应向全体员工公示或告知。
   • 公司应定期对规章制度进行审查和更新，确保其始终符合法律要求和公司发展需求。

综上所述，公司制定各项制度处罚员工在一般情况下是不合法的，公司应严格遵守相关法律法规，采取合法且合理的方式来管理员工。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。