在机关事业单位工作人员被刑事调查期间，是否可以暂停合同履行，需根据具体情况及合同约定来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同约定的情况：

   • 如果机关事业单位与工作人员签订的合同中，明确规定了在工作人员被刑事调查期间可以暂停合同履行，那么单位有权按照合同约定执行，暂停该工作人员的合同履行。
   • 合同中的此类条款通常是为了保护单位的合法权益，避免因工作人员的个人问题给单位带来不必要的风险和损失。

2. 法律法规的规定：

   • 我国法律并未明确规定机关事业单位工作人员被刑事调查期间必须暂停合同履行。因此，在没有合同约定的情况下，单位不能单方面随意暂停合同履行。
   • 但如果工作人员被刑事调查的事实影响了其正常履行工作职责，或者给单位带来了严重的负面影响，单位可以根据实际情况和法律法规的规定，采取相应的管理措施，如调整工作岗位、暂停工作等。

3. 单位内部规章制度：

   • 除了合同约定和法律法规外，单位内部规章制度也可能对工作人员被刑事调查期间的处理方式作出规定。
   • 如果规章制度中明确规定了在此情况下可以暂停合同履行，那么单位可以依据规章制度执行。但规章制度的制定和执行必须符合法律法规的规定，不能侵犯工作人员的合法权益。

综上所述，机关事业单位工作人员被刑事调查期间是否可以暂停合同履行，需要综合考虑合同约定、法律法规以及单位内部规章制度等多个因素。如果有具体疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。