关于您提出的“叔叔是五保户，跟村委会签了供养协议，侄子有遗赠协议，能否继承宅基地”的问题，我们需要从法律角度和实际情况进行综合分析。

首先，要明确的是宅基地的所有权与使用权问题。宅基地的所有权归农村集体经济组织所有，村民仅享有使用权，而不能继承宅基地本身。然而，宅基地上的房屋属于村民的个人财产，是可以依法继承的。

接下来，我们考虑五保户的遗产处理。五保户在中国农村集体经济组织中享受特定的保障，包括“保吃、保穿、保住、保医、保葬”。五保户去世后，其遗产（包括宅基地上的房屋）的处理通常遵循其与农村集体经济组织或街道办事处签订的供养协议。

现在，我们具体分析侄子的情况：

1. 有遗赠协议的情况：

   • 如果叔叔以遗赠协议的形式明确表示将宅基地上的房屋留给侄子，那么侄子可以依据这份遗赠协议继承该房屋。
   • 由于“房地一体”的原则，侄子在继承房屋的同时，也获得了房屋所占宅基地的使用权，但这种使用权是基于房屋的存在而延续的。

2. 没有遗赠协议或遗赠协议无效的情况：

   • 如果叔叔没有留下有效的遗赠协议，或者遗赠协议中并未指定侄子为继承人，那么侄子作为旁系亲属，在一般情况下是不享有继承权的。
   • 此时，叔叔的遗产（包括宅基地上的房屋）可能会按照其与村集体签订的供养协议处理，或者遵循法定继承的顺序进行分配。

另外，还需要考虑宅基地上是否有房屋这一关键因素。如果宅基地上没有房屋，那么宅基地本身会被农村集体经济组织收回，侄子在这种情况下是无法继承宅基地的。

综上所述，侄子能否继承叔叔的宅基地及房屋权益，取决于多个因素的综合考量，包括是否有有效的遗赠协议、宅基地上是否有房屋、以及当地农村集体经济组织的具体规定等。在有遗赠协议且宅基地上有房屋的情况下，侄子可以继承房屋并获得宅基地的使用权；但在没有遗赠协议或宅基地上没有房屋的情况下，侄子一般不能继承宅基地本身。