针对您提出的问题“侄子协议出资给五保户建房，确权证是叔叔的名，侄子能继承吗”，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、宅基地与房屋的法律属性
- 宅基地所有权：宅基地所有权归农村集体经济组织所有，村民仅享有使用权，不能继承宅基地本身。
- 房屋所有权：宅基地上的房屋属于村民的个人财产，可以依法继承。
二、侄子的继承权分析
法定继承权：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，侄子并不在法定继承人的范围内。法定继承人的第一顺序为配偶、子女、父母；第二顺序为兄弟姐妹、祖父母、外祖父母。因此，侄子在一般情况下不具备法定继承权。
特定情况下的继承权：
- 遗嘱继承：如果叔叔（五保户）通过遗嘱明确表示将宅基地上的房屋赠给侄子，那么侄子可以依据这份遗嘱获得房屋的所有权。遗嘱是叔叔自由处分其个人财产的重要方式，具有法律效力。
- 遗赠扶养协议：侄子可以与叔叔签订遗赠扶养协议，承诺承担叔叔的生养死葬义务。在履行了这些义务后，侄子有权按照协议获得叔叔的遗产，包括宅基地上的房屋。
- 尽了较多扶养义务：如果侄子在叔叔的生活中给予了较多的照料和经济帮助，且在叔叔没有法定继承人继承遗产、也未立遗嘱或签订遗赠扶养协议的情况下，侄子可以要求分给适当的遗产，包括宅基地上的房屋。
三、确权证与继承权的关系
- 确权证是证明房屋所有权归属的重要法律文件。在本案例中，确权证是叔叔的名，意味着房屋在法律上属于叔叔的个人财产。
- 侄子虽然出资建房，但如果没有通过遗嘱、遗赠扶养协议或尽了较多扶养义务等方式获得房屋的所有权，那么侄子并不能直接继承该房屋。
四、综合建议
- 了解叔叔的意愿：首先，侄子应该与叔叔沟通，了解叔叔是否愿意通过遗嘱或遗赠扶养协议的方式将房屋赠给侄子。
- 签订书面协议：如果叔叔同意，侄子应该与叔叔签订书面协议，明确双方的权利和义务，以确保侄子的权益得到法律保障。
- 咨询法律专业人士：在处理此类问题时，侄子可以咨询法律专业人士，了解具体的法律程序和注意事项，以确保自己的权益得到妥善保护。
综上所述，侄子在一般情况下并不能直接继承叔叔（五保户）的房屋，因为侄子不在法定继承人的范围内。但是，在特定情况下，如通过遗嘱继承、签订遗赠扶养协议或尽了较多扶养义务等，侄子有可能获得房屋的所有权。因此，侄子应该根据具体情况采取相应的措施来保护自己的权益。