针对学校实习生离职时学校应如何处理的问题，以下是一些详细的解答和建议。

首先，需要明确的是，实习生与学校之间通常不构成劳动关系，而是基于实习协议或劳务合同形成的特殊关系。因此，在处理实习生离职时，学校应遵循相关法律法规及实习协议或劳务合同中的约定。

一、实习生离职前的准备

1. 提前通知：实习生应提前向学校相关部门或指导教师提交离职申请，并说明离职原因和离职时间。这有助于学校做好人员调整和交接工作。

2. 工作交接：实习生在离职前，应配合学校做好工作交接，确保实习期间的工作成果和资料得到妥善保管和传承。这既是对学校负责，也是对自己职业素养的体现。

二、学校处理实习生离职的流程

1. 审核离职申请：学校相关部门在收到实习生的离职申请后，应及时进行审核，并与实习生沟通确认离职事宜。

2. 办理离职手续：审核通过后，学校应协助实习生办理离职手续，包括但不限于工作交接、实习证明开具、薪资结算等。

3. 薪资结算：根据实习协议或劳务合同中的约定，学校应按时足额支付实习生应得的薪资和补贴。如果实习生在离职前已履行了相应的工作职责，学校不得无故克扣其薪资。

三、特殊情况处理

1. 克扣薪资：如果学校在实习生离职时克扣其薪资，实习生可以首先与学校进行沟通，了解克扣的具体原因。如果沟通无果，实习生可以向当地的劳动监察部门或学生实习管理部门反映情况，并寻求帮助。必要时，实习生还可以考虑提起法律诉讼来维护自己的合法权益。

2. 实习协议争议：如果实习协议中存在争议条款，或者学校未按照协议履行相应义务，实习生可以依据相关法律法规和协议约定，通过法律途径解决争议。

四、建议与总结

1. 完善实习协议：学校在制定实习协议时，应明确双方的权利和义务，特别是关于薪资支付、工作交接、离职处理等方面的约定，以避免后续争议。

2. 加强沟通与管理：学校应加强与实习生的沟通与管理，及时了解实习生的需求和困难，为实习生提供良好的实习环境和发展机会。

3. 依法处理离职事宜：学校在处理实习生离职时，应遵循相关法律法规和实习协议中的约定，确保离职过程的合法性和合规性。

总之，学校在处理实习生离职时，应秉持公平、公正、合法的原则，确保实习生的合法权益得到保障。同时，学校也应加强实习管理，提高实习质量，为实习生提供更好的成长和发展平台。