综合工时制加班费在特定情况下按200%，一般情况下按150%计算。以下是详细分析：
一. 综合工时制加班费计算标准
- 一般情况：根据《劳动法》第四十四条第一项的规定，安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。在综合工时制下，如果员工在综合计算周期内的工作时间超过了法定标准工作时间，那么超出的部分就属于加班，应当按照不低于员工本人小时工资标准的150%支付加班费。
- 法定节假日加班：同样根据《劳动法》第四十四条第三项的规定，法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。但需要注意的是，在综合工时制下，由于工作时间可以灵活安排，因此并不是所有的法定节假日都需要支付300%的加班费。只有在法定节假日确实安排了员工工作，且该工作不能通过调休等方式进行补偿时，才需要支付300%的加班费。而其余的加班时间，包括法定节假日前后的调休时间，仍然按照150%的标准支付加班费。因此，如果综合工时制下的加班发生在法定节假日，且不能通过调休补偿，那么加班费应按200%（已支付日常工资，故再支付200%作为加班费）计算。
二. 实例说明
- 例如，某员工在综合工时制下工作，一个月内的总工作时间超过了法定标准工作时间，但其中并没有包含法定节假日的加班。那么，对于超出的部分，单位就应当按照该员工小时工资标准的150%支付加班费。
- 又如，某员工在综合工时制下的某法定节假日被安排工作，且该工作不能通过调休进行补偿。那么，对于这一天的加班，单位就应当按照该员工日或小时工资标准的200%支付加班费（假设已支付日常工资，故再支付200%作为加班费）。
综上所述，综合工时制下的加班费计算并不是简单地按200%或150%来确定，而是需要根据具体的加班情况来判断。我建议单位在计算加班费时，应严格按照法律法规的规定执行，确保员工的合法权益得到保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。