市场监督管理局的成立并未导致《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》废止。以下是详细分析：

一. 《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》的现行有效性

1. 办法的发布与施行：根据公开信息，《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》由国家工商行政管理总局于2008年11月21日发布，并自2009年1月1日起施行。
2. 废止条件：该办法的废止需要明确的法律、行政法规或政府规章的规定，或者由国家工商行政管理总局（或其继任机构）发布新的规定来明确废止。

二. 市场监督管理局的成立与影响

1. 机构变革：市场监督管理局的成立是行政机构改革的一部分，可能涉及原工商行政管理机关的职责调整或重新组合。
2. 法规延续性：除非有明确的废止或替代规定，否则原有的法律、法规和规章在机构变革后仍然有效。市场监督管理局的成立本身并不直接导致原有规章的废止。

三. 结论

• 未废止：目前没有公开信息表明《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》已被废止或替代。
• 继续适用：因此，在没有新的规定出台之前，该办法仍然适用于工商行政管理机关（或其继任机构如市场监督管理局）行政处罚案件中违法所得的认定。

我建议：在涉及相关行政处罚案件时，应继续遵循该办法的规定来计算违法所得，除非有明确的法律、行政法规或政府规章规定其废止或替代。如有进一步需要，您可以继续咨询我。