《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》是有效的。该办法由国家工商行政管理总局发布，自2009年1月1日起施行，旨在规范和保障工商行政管理机关依法、公正、有效行使职权，正确实施行政处罚，保障公民、法人和其他组织的合法权益。

以下是对该认定办法的详细解读：

1. 基本原则：工商行政管理机关认定违法所得的基本原则是，以当事人违法生产、销售商品或者提供服务所获得的全部收入扣除当事人直接用于经营活动的适当的合理支出，为违法所得。这一原则通常被称为“获利说”，与以全部违法收入为违法所得的“全部说”相区分。

2. 一般性认定与特殊性认定：

   • 一般性认定：按照上述基本原则计算违法所得。
   • 特殊性认定：对于一些社会危害大或违法成本难以计算的违法行为，则以其销售收入为违法所得。这种认定方式提高了执法效能，节约了行政成本。

3. 具体计算方式：

   • 违法生产商品的违法所得，按违法生产商品的全部销售收入扣除生产商品的原材料购进价款计算。
   • 违法销售商品的违法所得，按违法销售商品的销售收入扣除所售商品的购进价款计算。
   • 违法提供服务的违法所得，按违法提供服务的全部收入扣除该项服务中所使用商品的购进价款计算。

4. 特殊规定：

   • 对于传销行为，拉人头、骗取入门费式传销的违法所得按当事人的全部收入计算；团队计酬式传销的违法所得，根据销售的是自产商品还是非自产商品，分别按不同的方式计算。
   • 在违法所得认定时，对当事人在工商行政管理机关作出行政处罚前依据法律、法规和省级以上人民政府的规定已经支出的税费，应予扣除。

5. 法律适用：该办法适用于工商行政管理机关行政处罚案件“非法所得”的认定。如果法律、行政法规或政府规章对“违法所得”、“非法所得”的认定另有规定，则从其规定。

综上所述，《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》是现行有效的规范性文件，为工商行政管理机关在行政处罚案件中认定违法所得提供了明确的依据和标准。如果您在具体案件中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。