《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》目前仍然有效。以下是对此问题的详细分析：
一、法规的生效与废止情况
《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》是由国家工商行政管理总局令第37号公布，并自2009年1月1日起施行的。该办法在公布时，明确废止了之前关于违法所得计算方法的5件规范性文件，这表明该办法在生效时即具有替代旧有规定的法律效力。同时，目前并没有公开的信息或官方公告表明该办法已被废止或失效。
二、法规的适用性与权威性
该办法是为了规范和保障工商行政管理机关依法、公正、有效行使职权，正确实施行政处罚，保障公民、法人和其他组织的合法权益而制定的。它详细规定了工商行政管理机关在认定违法所得时的基本原则和具体计算方法，具有明确的适用性和权威性。在工商行政管理机关进行行政处罚案件时，该办法是认定违法所得的重要依据。
三、法规的持续有效性
从法律效力的角度来看，一部法规在未被明确废止或失效之前，应视为持续有效。目前，没有公开的信息表明《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》已被废止或失效，因此，可以认为该办法目前仍然有效。
四、实际应用中的注意事项
虽然该办法目前仍然有效，但在实际应用中，仍需注意以下几点：
遵循最新规定：尽管该办法目前有效，但工商行政管理机关在实施行政处罚时，还需遵循其他相关法律法规和政策规定。如果其他法律法规或政策对违法所得的认定有新的规定，应以最新规定为准。
具体案件具体分析：在认定违法所得时，应结合具体案件的事实和证据进行综合分析。不同案件的违法所得计算方式可能因案件性质、违法情节等因素而有所不同。
保障当事人权益：在认定违法所得和实施行政处罚时，应充分保障当事人的合法权益。当事人有权对违法所得的认定和行政处罚提出异议，并有权依法申请行政复议或提起行政诉讼。
建议：如果您在工商行政管理机关行政处罚案件中遇到违法所得认定的问题，或者对该办法的具体应用有疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。