法人代发小额的工人工资，如果操作合规，通常不会被查。但此行为是否会被查，取决于多个因素，包括代发的合法性、合规性，以及是否存在其他违法行为等。以下是对此问题的详细分析：

1. 代发的合法性：

   • 如果法人代发工人工资是出于合法的劳动关系，且工资数额、发放时间等均符合劳动法律法规的规定，那么这种代发行为是合法的，通常不会被查。
   • 如果法人代发的是非本公司员工的工资，或者工资数额、发放时间等存在异常，那么这种代发行为可能涉嫌违法，如偷税漏税、虚构劳动关系等，此时就有可能被相关部门查处。

2. 代发的合规性：

   • 法人代发工人工资时，应确保工资发放的记录清晰、准确，并保留相关凭证，以备税务、劳动等部门检查。
   • 如果法人未能妥善保管工资发放记录，或者记录存在虚假、不完整等情况，那么即使代发行为本身合法，也可能因不合规而被查。

3. 其他违法行为：

   • 如果法人在代发工人工资的同时，还存在其他违法行为，如未依法缴纳社会保险费、未按规定申报纳税等，那么这些违法行为也可能导致法人被查。
   • 一旦法人被查，代发工人工资的行为也可能成为调查的一部分，以核实是否存在与代发相关的违法问题。

综上所述，法人代发小额的工人工资，只要操作合规、合法，且不存在其他违法行为，通常不会被查。但为了确保万无一失，建议法人在代发工资时，严格遵守相关法律法规，确保代发行为的合法性和合规性。同时，也应加强内部管理，确保工资发放记录的准确性和完整性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。