关于“养殖看护船轮机长未在船上是否会被处罚”的问题，这主要取决于相关的法律法规以及具体的合同约定。以下是我根据现有信息给出的分析：

1. 法律法规层面：

   • 目前，我国并没有专门针对养殖看护船轮机长未在船上的具体处罚规定。但是，如果轮机长的不在岗行为导致了安全事故、环境污染或其他违法行为，那么根据相关法律法规，如《安全生产法》、《环境保护法》等，可能会面临相应的法律责任和处罚。

2. 合同约定层面：

   • 养殖看护船的工作性质和内容往往会在相关的合同中明确。如果合同中明确规定了轮机长需要在船上履行其职责，并且未在岗可能构成违约，那么轮机长未在岗的行为可能会受到合同的约束和处罚。这包括但不限于经济赔偿、解雇或其他合同约定的处罚措施。

3. 实际管理层面：

   • 在实际管理中，养殖看护船的运营方或管理者可能会根据内部规章制度对轮机长未在船上的行为进行管理和处罚。这种处罚可能是基于对工作纪律的维护，以及对船舶安全和运营效率的考虑。

综上所述，养殖看护船轮机长未在船上是否会被处罚，需要综合考虑法律法规、合同约定以及实际管理等多个方面。如果轮机长确实存在未在船上的情况，建议其及时与雇主或管理者沟通，了解具体的规定和可能的后果，并尽快采取补救措施以避免不必要的法律风险和损失。同时，也建议养殖看护船的运营方或管理者加强内部管理和制度建设，确保船舶的安全和高效运营。