公司违反劳动法的规章制度，由劳动行政部门责令改正。具体分析如下：
法律依据明确：
- 根据《中华人民共和国劳动法》(2009年修正本) 第八十九条，用人单位制定的劳动规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门给予警告，责令改正。
- 同样，《中华人民共和国劳动合同法》(2013年修正本) 第八十条也规定，用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告。
责任主体清晰：
- 在您提到的“旗人力资源和社会保障局”的语境中，该局作为劳动行政部门，正是负责监督和执行劳动法规的机构，有权对违反劳动法的规章制度进行责令改正。
执行程序规范：
- 劳动行政部门在发现用人单位的规章制度违反劳动法后，会按照一系列规范的程序进行处理，包括立案、调查、审查、告知、决定、送达和执行等步骤，确保整个过程的合法性和公正性。
综上所述，公司违反劳动法的规章制度，明确由劳动行政部门，如旗人力资源和社会保障局，进行责令改正。这一结论既有明确的法律依据，也有清晰的责任主体和执行程序作为支撑。我建议，如果您所在的公司存在违反劳动法的规章制度，您应及时向当地的劳动行政部门反映，以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。