运输协调费一般不违法。具体分析如下：

一. 运输协调费的性质

• 类似于工程协调费，运输协调费通常是在运输过程中，由一方（如运输总包方）向另一方（如运输分包方或货主）提供协调服务而收取的费用。
• 这种费用的收取是基于服务的提供，而非无端的收费或勒索。

二. 合法性分析

1. 服务提供与收费：根据《发票管理办法》第十九条，提供服务的单位和个人，在对外发生经营业务收取款项时，应当向付款方开具发票。这意味着，如果运输协调费的收取是基于实际提供的服务，并且开具了相应的发票，那么这种收费是合法的。
2. 无明确法律禁止：目前并没有明确的法律条文禁止运输协调费的收取。只要费用的收取不违反法律法规的强制性规定，不损害他人合法权益，且双方有明确的约定，那么这种费用就是合法的。

三. 实际操作中的注意事项

• 明确约定：在收取运输协调费时，双方应明确约定服务的内容、费用标准、支付方式等，以避免后续产生纠纷。
• 开具发票：提供服务的一方应依法向付款方开具发票，作为收费的合法凭证。

我的观点：运输协调费在符合上述条件的情况下，一般是合法的。但双方在实际操作中应确保费用的收取有明确的法律依据和约定，并依法开具发票。如有进一步需要，您可以继续咨询我。