员工手册上关于年假休不完等于员工放弃假期的规定不合法。以下是具体的分析：
一. 年休假的安排与放弃
单位的主导权与员工的申请权：根据《职工带薪年休假条例》第五条，单位应根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。这表明单位在年休假安排上享有主导权，但同时也需考虑职工意愿。员工未提出休年休假，并不等同于放弃年休假。
放弃年休假的法定条件：根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十条，用人单位不支付未休年休假工资的前提是，用人单位在安排年休假的情况下，劳动者因个人原因并书面提出不休年休假。员工手册中的规定与这一法定条件相悖，因此不合法。
二. 员工手册规定的法律效力
规章制度的制定与法律效力：用人单位享有制定规章制度的权利，但规章制度的内容必须不违反国家法律法规规定，否则将视为无效。员工手册中关于年假休不完等于放弃假期的规定，违反了《职工带薪年休假条例》及其实施办法的相关规定，因此不具有法律效力。
规章制度的补充作用：规章制度只是对法律法规中没有约定或者约定不具体不明确的内容起到补充作用。在年休假的问题上，法律法规已有明确规定，员工手册中的相关规定不能与之相悖。
我建议：用人单位应依法制定员工手册，确保其内容不违反国家法律法规规定。对于年休假的安排，应尊重员工的意愿，并依法支付未休年休假工资。员工也应了解自己的合法权益，如遇到类似问题，可依法向用人单位主张自己的权利。如有进一步需要，您可以继续咨询我。