工资不发在银行卡且扣社保的行为，其合法性需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 工资发放方式：

   • 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且一般应通过银行转账等能够留下支付记录的方式支付，以确保工资的支付有明确的证据。
   • 如果用人单位与劳动者约定了以其他方式支付工资（如现金、支票等），并且这种支付方式不违反法律法规的强制性规定，那么这种支付方式也是合法的。但需注意，这种支付方式可能带来证据保存和追溯上的困难。

2. 社保扣除：

   • 社保是法律规定的强制性保险，用人单位有义务为劳动者缴纳社保费用。
   • 社保费用的扣除应当基于劳动者的实际工资收入，并且按照法律规定的比例进行。
   • 如果用人单位在未经劳动者同意的情况下，擅自扣除社保费用或者扣除比例不符合法律规定，那么这种行为是违法的。

3. 结合两者分析：

   • 如果工资不发在银行卡上，但用人单位能够确保工资的按时足额支付，并且社保费用的扣除也符合法律规定，那么这种行为虽然不常见，但也不能直接判定为违法。
   • 然而，如果工资不发在银行卡上导致劳动者无法及时收到工资，或者社保费用的扣除存在违法情况，那么用人单位的行为就是违法的。

综上所述，工资不发在银行卡且扣社保的行为是否合法，需要根据工资发放方式的具体约定、社保费用的扣除是否符合法律规定等因素来综合判断。如果劳动者对此有疑问或认为自己的权益受到侵害，应及时向用人单位提出质疑或向劳动监察部门投诉。