员工在卫生间抽烟，若公司规章制度明确禁止，则属于违规行为，公司可依据规章制度进行处理。针对这一问题，分析如下：

一. 公司规章制度的重要性

1. 规章制度的约束力：根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，公司有权制定并执行内部规章制度，只要这些制度不违反国家法律法规。因此，如果公司规章制度中明确规定了禁止在卫生间抽烟，那么员工应当遵守，否则将面临相应的处罚。
2. 规章制度的公示与告知：公司应将规章制度进行公示，并确保员工知晓。这样，员工在违反规定时，无法以“不知情”为由进行抗辩。

二. 违规抽烟的法律后果

1. 公司内部的处罚：根据规章制度的具体内容，公司可以对违规抽烟的员工进行警告、罚款、降职甚至解除劳动合同等处罚。
2. 可能涉及的法律责任：虽然抽烟本身不一定构成违法，但如果因此引发火灾、造成环境污染或侵犯他人健康权益，员工可能需要承担相应的法律责任。

三. 公司管理的建议

1. 明确规章制度：公司应制定明确的规章制度，规定哪些区域禁止抽烟，并明确违规的后果。
2. 加强宣传教育：通过培训、宣传栏等方式，提高员工对规章制度的认识和遵守意识。
3. 设置吸烟区：在合适的位置设置吸烟区，既满足员工的抽烟需求，又避免对他人造成干扰。

我建议，公司应完善规章制度，明确禁止在卫生间抽烟，并加强对此类违规行为的监管和处理。同时，员工也应自觉遵守公司规定，共同维护良好的工作环境。如有进一步需要，您可以继续咨询我。