当商人被留置3个月后延期留置时，是否会通知家属主要取决于是否存在有碍调查的情形。

根据相关规定，纪检监察机关在需要对被审查调查人采取留置措施时，应当在24小时内通知其所在单位和家属，这是为了保证其知情权，同时也是纪检监察机关接受监督的体现。然而，在某些特殊情况下，如可能存在毁灭、伪造证据，干扰证人作证或者串供等有碍调查的情形时，纪检监察机关可以依规依法暂不通知单位和家属。

当这些有碍调查的情形消除后，纪检监察机关应当立即通知被留置人员所在单位和家属。因此，如果商人被留置3个月后延期留置，且不存在有碍调查的情形，那么纪检监察机关应当会通知其家属。但如果存在有碍调查的情形，且该情形尚未消除，那么可能会暂不通知家属。

总的来说，是否会通知家属取决于具体的调查情况和相关规定。如果您对具体情况有疑问，建议咨询相关的法律或纪检监察机关以获取更准确的信息。