农业农村局具有查处农村违法建房的职责。详细分析如下：

1. 主要职责与法律依据：

   • 农业农村局负责农村宅基地改革和管理有关工作，对农村村民占用宅基地建房的行为进行监督和查处。
   • 根据《土地管理法》第六十七条，县级以上人民政府农业农村主管部门对违反农村宅基地管理法律、法规的行为进行监督检查。
   • 特别地，《土地管理法》第七十八条规定，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。

2. 对特殊情形的处理：

   • 即便农村违法建房同时涉及占用耕地和宅基地，农业农村局依然具有查处职责。因为《土地管理法》的修订意图是整合管理职能，避免多头执法，农业农村局作为负责农村宅基地管理的专业部门，应当对农村村民建房行为进行体系管理，而非仅限于宅基地地类的管理。
   • 例如，若村民违法建设的房屋占用了一半耕地和一半宅基地，农业农村局应依据其职责进行查处，而不是仅由自然资源部门处理占用耕地的部分。

3. 实际操作中的协同：

   • 虽然农业农村局具有查处职责，但在实际操作中，通常需要与自然资源部门等协同合作，共同维护农村建筑秩序。
   • 自然资源部门在规划管理、土地资源利用等方面具有专业优势，可以为农业农村局的查处工作提供支持和配合。

综上所述，农业农村局具有查处农村违法建房的明确职责，这一职责不仅来源于相关法律法规的授权，也符合机构改革和《土地管理法》修订的初衷。在实际操作中，农业农村局应与其他相关部门协同合作，共同打击农村违法建房行为，维护农村建筑秩序和农民的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。