针对您提出的“农村经营性违法建筑哪个部门查处”的问题，结合相关法律法规和政策文件，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，农村经营性违法建筑通常指的是农村村民未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地（包括但不限于耕地、宅基地等）进行经营性建设的建筑。这类建筑的查处，主要依据的是《土地管理法》的相关规定。

根据2020年1月1日起实施的新修订的《土地管理法》第七十八条，以及相关政策文件和司法实践，农村村民未经批准非法占用土地建住宅（包括经营性住宅）的查处职责，由县级以上人民政府农业农村主管部门行使。这一规定明确了农业农村主管部门在农村宅基地改革和管理，包括宅基地执法方面的法定职责。

具体来说，如果农村村民未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地进行经营性建设，那么这一行为就属于农业农村主管部门的查处范围。农业农村主管部门将依法进行调查，并根据调查结果作出相应的行政处罚决定，如要求拆除违法建筑、恢复土地原状等。

同时，我们也需要注意到，非农村村民这一特定主体，或者非建住宅（包括经营性住宅）这一特定行为的其他非法占地行为，则由自然资源主管部门负责查处。这是根据土地管理法的相关规定和机构职能划分来确定的。

综上所述，对于农村经营性违法建筑的查处，主要由县级以上人民政府农业农村主管部门负责。如果遇到这类问题，建议您及时向当地的农业农村主管部门反映，并配合相关部门的调查和处理工作。