针对您提出的“农村集体经营性建设用地哪个部门处罚”的问题，这实际上涉及到农村土地管理和执法权限的分配。根据新修订的《土地管理法》及相关规定，我来为您详细解答：
首先，我们需要明确的是，农村集体经营性建设用地的管理，特别是涉及违法违规行为的处罚，通常与土地的性质和用途紧密相关。在农村，土地主要分为农用地、建设用地和未利用地三大类，而集体经营性建设用地属于建设用地的一种。
对于农村集体经营性建设用地的违法违规行为，如未经批准擅自占用、改变土地用途等，其处罚主体并非单一部门，而是根据具体情况由自然资源主管部门和农业农村主管部门等按照职责进行查处。具体来说：
自然资源主管部门：根据《土地管理法》的相关规定，自然资源主管部门负责土地资源的统一管理和监督，包括土地利用总体规划的编制、土地用途管制、土地调查统计等。在农村集体经营性建设用地的管理中，自然资源主管部门主要负责查处未经批准擅自占用土地、改变土地用途等违法行为，并可以责令限期改正、治理，甚至并处罚款。
农业农村主管部门：农业农村主管部门在农村土地管理中也扮演着重要角色，特别是涉及农村宅基地和村民建房的管理。虽然直接针对农村集体经营性建设用地的处罚可能不是其主要职责，但在某些情况下，如村民非法占用土地建住宅（包括在集体经营性建设用地上非法建房），农业农村主管部门也有权进行查处，并责令退还非法占用的土地、限期拆除新建的房屋。
其他相关部门：在特定情况下，如涉及城乡规划、环境保护等方面的违法违规行为，还可能涉及城乡规划部门、环保部门等其他相关部门的查处。
具体到您的提问，如果农村集体经营性建设用地存在违法违规行为，如未经批准擅自占用或改变用途，那么首先应由自然资源主管部门进行查处。如果该行为同时涉及村民非法占用土地建住宅等情形，农业农村主管部门也可能参与查处。在实际操作中，两个部门可能会根据具体情况进行联合执法或分工协作。
举例说明：假设某村民未经批准在农村集体经营性建设用地上擅自建房，这一行为既违反了土地利用总体规划，也涉嫌非法占用土地建住宅。在这种情况下，自然资源主管部门可以依据《土地管理法》的相关规定，责令该村民限期改正或治理，并可能并处罚款；同时，农业农村主管部门也可以依据相关规定，责令该村民退还非法占用的土地，并限期拆除新建的房屋。
综上所述，农村集体经营性建设用地的违法违规行为处罚并非单一部门负责，而是根据具体情况由自然资源主管部门和农业农村主管部门等按照职责进行查处。希望这一解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。